ensemblVEP

DOI:10.18129 / B9.bioc.ensemblVEP

R集成变效应预测器接口

Bioconductor版本:发行版(3.15)

通过perl API查询集成变量效应预测器。

作者:Valerie Obenchain和Lori Shepherd

维护者:Bioconductor包维护者< Bioconductor .org>的维护者

引用(从R中,输入引用(“ensemblVEP”)):

安装

要安装此包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" ensemble blvep ")

对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:

browseVignettes(“ensemblVEP”)

PDF R脚本 ensemblVEP
PDF R脚本 PreV90EnsemblVEP
PDF 参考手册
文本 自述
文本 新闻

细节

biocViews 注释单核苷酸多态性软件VariantAnnotation
版本 1.38.0
Bioconductor自 BioC 2.12 (R-3.0)(9.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 方法,BiocGenericsGenomicRangesVariantAnnotation
进口 S4Vectors(> = 0.9.25),BiostringsSummarizedExperimentGenomeInfoDb,统计数据
链接
建议 RUnit
SystemRequirements 必须安装ensemble VEP (API版本105)和Perl模块DBI和DBD::mysql。请参阅软件包README和ensemble安装说明:http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_download.html#installer
增强了
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取决于我
进口我 MMAPPR2TVTB
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我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包 ensemblVEP_1.38.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra) ensemblVEP_1.38.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ensemblVEP
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ensemblVEP
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ensemblVEP/
包下载报告 下载数据
bioc3.15的旧源包 源存档

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支持»

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