刨边机

DOI:10.18129 / B9.bioc.edgeR

数字基因表达数据的实证分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

生物复制RNA-seq表达谱的差异表达分析。采用一系列基于负二项分布的统计方法，包括经验贝叶斯估计、精确检验、广义线性模型和准似然检验。除了RNA-seq，它还可以应用于产生读计数的其他类型基因组数据的差分信号分析，包括ChIP-seq, ATAC-seq, Bisulfite-seq, SAGE和CAGE。

作者:陈云顺，Aaron TL伦，Davis J McCarthy, Matthew E Ritchie, Belinda Phipson，胡一芳，周小北，Mark D Robinson, Gordon K Smyth

维护人员:Yunshun Chen ， Gordon Smyth < Smyth at wehi.edu.au>， Aaron Lun ，马克罗宾逊<马克。罗宾逊在imls.uzh.ch >

引用(从R中，输入引用(磨边机))：

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("edgeR")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(磨边机)

PDF		磨边机装饰图案
PDF		edgeRUsersGuide.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing，BatchEffect，贝叶斯，BiomedicalInformatics，CellBiology，ChIPSeq，聚类，报道，DNAMethylation，DifferentialExpression，DifferentialMethylation，DifferentialSplicing，表观遗传学，FunctionalGenomics，GeneExpression，GeneSetEnrichment，遗传学，ImmunoOncology，MultipleComparison，归一化，通路，质量控制，RNASeq，回归，圣人，测序，软件，SystemsBiology，TimeCourse，转录，转录组
版本	3.40.0
Bioconductor自	BioC 2.3 (R-2.8)(14年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.6.0),limma(> = 3.41.5)
进口	方法，图形，统计，工具，locfit，Rcpp
链接	Rcpp
建议	jsonlite，readr，rhdf5样条函数,Biobase，AnnotationDbi，SummarizedExperiment，org.Hs.eg.db
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	http://bioinf.wehi.edu.au/edgeR //www.anjoumacpherson.com/packages/edgeR
取决于我	ASpli，EGSEA123，感兴趣，methylMnM，miloR，octad，ReactomeGSA.data，RNAseq123，rnaseqDTU，RnaSeqGeneEdgeRQL，RNASeqR，RnaSeqSampleSizeData，RUVSeq，移行细胞癌，tRanslatome
进口我	affycoretools，anota2seq，ArrayExpressHTS，ATACseqQC，自治，AWFisher，baySeq，啤酒，benchdamic，BioQC，censcyt，ChromSCape，circRNAprofiler，clusterExperiment，CNVRanger，compcodeR，consensusDE，coseq，countsimQC，crossmeta，csaw，DaMiRseq，dce，debrowser，DEComplexDisease，反编排，DEGreport，DEsubs，diffcyt，diffHic，diffUTR，DMRcate，定量给料器，DRIMSeq，DropletUtils，easyRNASeq，eegc，EGSEA，eisaR，emtdata，EnrichmentBrowser，erccdashboard，ERSSA，ExpHunterSuite，extraChIPs，GDCRNATools，Glimma，GSEABenchmarkeR，爱马仕，HTSFilter，icetea，infercnv，IsoformSwitchAnalyzeR，KnowSeq，Maaslin2，MEDIPS，metaseqR2，microbiomeMarker，MIGSA，MLSeq，moanin，Motif2Site，msgbsR，msmsTests，multiHiCcompare，马斯喀特，NBSplice，PathoStat，PhIPData，ppcseq，适当的，psichomics，RCM，recountWorkflow，regsplice，Repitools，ReportingTools，RnaSeqSampleSize，ROSeq，scCB2，scde，司康饼，食物，ScreenR，SEtools，SIMD，SingleCellSignalR，singscore，SingscoreAMLMutations，麻雀，spatialHeatmap，spatialLIBD，飞溅，SPsimSeq，srnadiff，sSNAPPY，standR，STATegRa，股东价值分析，TBSignatureProfiler，TCseq，TimeSeriesExperiment，tradeSeq，treekoR，tweeDEseq，vidger，xcore，纱，zinbwave
建议我	ABSSeq，bigPint，biobroom，CAGEWorkflow，chipseqDB，ClassifyR，cqn，cydar，dcanr，dearseq，DEScan2，dittoSeq，easyreporting，EDASeq，计，gCrisprTools，GenomicAlignments，GenomicRanges，glmGamPoi，goseq，groHMM，GSAR，GSVA，理想的，iSEEu，leeBamViews，missMethyl，multiMiR，重新计票，regionReport，ribosomeProfilingQC，土星，SeqGate，signifinder，经验丰富的人，subSeq，SummarizedBenchmark，systemPipeR，TCGAbiolinks，tidybulk，topconfects，tximeta，tximport，variancePartition，weitrix，扳手，天顶，zFPKM
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址在R会话中使用这个包的说明。

源包	edgeR_3.40.0.tar.gz
Windows二进制	edgeR_3.40.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	edgeR_3.40.0.tgz
macOS二进制(arm64)	edgeR_3.39.6.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/edgeR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/磨边机
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/edgeR/
包下载报告	下载数据