dmrseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.dmrseq

检测和推理亚硫酸氢全基因组测序的差异甲基化区域

Bioconductor版本:版本(3.17)

这个包实现基因组扫描的方法来检测和执行准确推断从亚硫酸氢全基因组测序数据差异甲基化区域。方法是基于比较检测到零分布集中区域,可以实现,即使只有两个样品每人口是可用的。区域层次上的统计数据拟合得到的广义最小二乘法(gl)回归模型嵌套误差自回归相关结构的影响利息改变了甲基化比例。

作者:基冈Korthauer (cre, aut)拉斐尔•伊(aut),尤Benjamini (aut) Sutirtha Chakraborty (aut)

维护人员:基冈Korthauer <基冈在stat.ubc.ca >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“dmrseq”)

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文档

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HTML	R脚本	分析与dmrseq Bisulfite-seq数据
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文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DNAMethylation,DifferentialMethylation,表观遗传学,FunctionalGenomics,ImmunoOncology,MultipleComparison,回归,测序,软件,WholeGenome
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.5),bsseq
进口	GenomicRangesnlme ggplot2,S4VectorsRColorBrewer,bumphunter,DelayedMatrixStats(> = 1.1.13)、matrixStatsBiocParallel离群值,方法、locfitIRangesgrDevices图形,统计,跑龙套,annotatr,AnnotationHub,rtracklayer,GenomeInfoDb,样条函数
链接
建议	knitr rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	biscuiteer
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	dmrseq_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	dmrseq_1.20.0.zip
macOS二进制(x86_64)	dmrseq_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64)	dmrseq_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dmrseq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ dmrseq
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/dmrseq/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/dmrseq/
包下载报告	下载数据