dittoSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.dittoSeq

用户友好的单细胞和批量RNA测序可视化

Bioconductor版本:发行版(3.16)

一个通用的，用户友好的，单细胞和批量RNA测序可视化工具包，允许高度定制创建色盲友好的，出版质量的数字。dittoSeq同时接受singlecelexperimental (SCE)和Seurat对象，以及通过转换到SCE来导入和使用summarizeexperiment或DGEList批量数据。可视化包括降维图、热图、散点图、跨组的百分比组成或表达等等。自定义范围从大小和标题调整到自动生成热图注释，轨迹分析叠加到任何降维图上，通过ggplotly转换在光标悬停时叠加隐藏数据等等。所有这些都是简单、离散的输入。色盲友好是由图例调整(放大的键)提供支持的，除了精心选择的dittoColors()之外，还允许使用形状或字母叠加。

作者:Daniel Bunis [aut, cre]， Jared Andrews [aut, ctb]

维护者:Daniel Bunis < Daniel。Bunis在ucsf。edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("dittoSeq")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“dittoSeq”)

超文本标记语言	R脚本	注释scRNA-seq数据
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport，GeneExpression，RNASeq，SingleCell，软件，转录组，可视化
版本	1.10.0
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	ggplot2
进口	方法,色彩(> = 1.4),gridExtra，cowplot，reshape2，pheatmapgrDevices,ggrepel，ggridges，统计，utils，SummarizedExperiment，SingleCellExperiment，S4Vectors
链接
建议	情节，testthat，修拉(> = 2.2),DESeq2，刨边机，ggplot.multistats，knitr，rmarkdown，BiocStyle，scRNAseq，ggrastr(> = 0.2.0),ComplexHeatmap，咆哮，嘘，食物
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	SPIAT
建议我	逃避，tidySingleCellExperiment
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	dittoSeq_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	dittoSeq_1.10.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	dittoSeq_1.10.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	dittoSeq_1.9.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dittoSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/dittoSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/dittoSeq/
软件包下载报告	下载数据