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diffUTR
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DOI:10.18129 / B9.bioc.diffUTR
diffUTR:流线型差分外显子和3' UTR使用
Bioconductor版本:发行版(3.16)
diffUTR包为limma/edgeR/DEXSeq驱动的差分bin/外显子使用提供了统一的接口和绘图功能。它还包括limma::diffSplice方法的改进版本。最重要的是，diffUTR进一步将这些框架的应用扩展到使用poly-A站点数据库的差异UTR使用分析。
作者:Pierre-Luc Germain [cre, aut]
，斯蒂芬·戈贝尔[au]
维护者:Pierre-Luc Germain < Pierre-Luc。日耳曼在hest.ethz.ch>
引文(从R内，输入引用(“diffUTR”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“diffUTR”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 1 _diffutr |
| 超文本标记语言 | R脚本 | diffUTR_diffSplice2 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | GeneExpression，软件 |
| 版本 | 1.6.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (>= 4.0) |
| 进口 | S4Vectors，SummarizedExperiment，limma，刨边机，DEXSeq，GenomicRanges，Rsubread，ggplot2，rtracklayer，ComplexHeatmap，ggrepel，stringi，方法，统计，GenomeInfoDb，dplyr，matrixStats，IRanges，ensembldb，viridisLite |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle，knitr，rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/ETHZ-INS/diffUTR |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | diffUTR_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | diffUTR_1.6.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | diffUTR_1.6.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | diffUTR_1.6.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/diffUTR |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/diffUTR |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/diffUTR/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/diffUTR/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
