变体

DOI:10.18129 / B9.bioc.variants

这是发展版本的变异;稳定的发布版本,请参阅变体。

注释的基因变异

Bioconductor版本:发展(3.17)

读和写的VCF文件。识别结构变异的位置和计算氨基酸编码变更为非同义变体。使用筛选和PolyPhen数据库包氨基酸编码变更的预测结果。

作者:瓦莱丽Obenchain (aut),马丁•摩根(施)Bioconductor包维护者(cre)

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“变异”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“变异”)

HTML

R脚本

注释的基因变异

细节

biocViews	AnnotationWorkflow,ImmunoOncologyWorkflow,工作流
版本	1.23.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3.0),VariantAnnotation,org.Hs.eg.db,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131
进口
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/help/workflows/variants/
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	variants_1.23.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/variants
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/变体
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/variants/
包下载报告	下载数据