simpleSingleCell

DOI:10.18129 / B9.bioc.simpleSingleCell

这是发展simpleSingleCell版本;稳定的发布版本,请参阅simpleSingleCell。

低级的循序渐进的工作流分析单细胞与Bioconductor RNA-seq数据

Bioconductor版本:发展(3.16)

一次骄傲的工作流包,这是现在一个shell大不如前了。几乎所有的内容已经抽调了用于“与Bioconductor编排单细胞分析”书在https://osca.bioconductor.org。这里的大多数小插曲被保留的提醒曾经的荣耀,也提供现有的外部链接重定向到相关的OSCA书章节。

作者:亚伦Lun (aut (cre),戴维斯麦卡锡(aut),约翰Marioni (aut)

维护人员:亚伦Lun < infinite.monkeys.with。键盘在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“simpleSingleCell”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“simpleSingleCell”)

HTML		01。介绍
HTML		02。读计数数据
HTML		03。UMI计数数据
HTML		04。Droplet-based数据
HTML		05。纠正批处理效果
HTML		06。质量控制细节
HTML		07年。在归一化
HTML		08年。检测对比
HTML		09年。先进的方差模型
HTML		10。检测微分表达式
HTML		11。先进的批处理校正
HTML		12。大数据的可伸缩性
HTML	R脚本	13。进一步分析策略

细节

biocViews	ImmunoOncologyWorkflow,SingleCellWorkflow,工作流
版本	1.21.0
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	跑龙套、方法knitr,callr,rmarkdown,CodeDepends,BiocStyle
链接
建议	readxl,R.utils,SingleCellExperiment,嘘,食物,limma,BiocFileCache,org.Mm.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/help/workflows/simpleSingleCell/
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	simpleSingleCell_1.21.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/simpleSingleCell
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ simpleSingleCell
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/simpleSingleCell/
包下载报告	下载数据