测序

DOI:10.18129 / B9.bioc.sequencing

这是发展版本的测序;稳定的发布版本,请参阅测序。

介绍Bioconductor序列数据

Bioconductor版本:发展(3.16)

Bioconductor使高吞吐量基因组数据的分析和理解。我们有大量的包,让严谨的统计分析大量数据,同时保持技术工件。Bioconductor帮助用户把他们的分析结果为生物背景,丰富的可视化的机会。再现性是一个重要的目标Bioconductor分析。不同类型的分析可以使用Bioconductor,例如;排序:RNASeq ChIPSeq变体,拷贝数等;微阵列:表达式,SNP等;领域特定分析:流式细胞术、蛋白质组学等。这些分析,一个典型的进口和使用不同sequence-related文件类型,包括fasta fastq, BAM, gtf,床上,和假发文件等。Bioconductor包支持进口,常见的和先进的操作操作序列如修剪、转换和调整包括质量评估。

作者:Sonali Arora (aut),马丁•摩根(aut) Bioconductor包维护者(cre)

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(测序)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(测序)

HTML

R脚本

介绍Bioconductor序列数据

细节

biocViews	BasicWorkflow,ImmunoOncologyWorkflow,工作流
版本	1.21.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3.0),GenomicRanges,GenomicAlignments,Biostrings,Rsamtools,ShortRead,BiocParallel,rtracklayer,VariantAnnotation,AnnotationHub,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14
进口
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/help/workflows/sequencing/
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	sequencing_1.21.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sequencing
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/测序
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sequencing/
包下载报告	下载数据