rnaseqGene

DOI:10.18129 / B9.bioc.rnaseqGene

这是发展rnaseqGene版本;有关稳定发布版本，请参阅rnaseqGene。

RNA-seq工作流程:基因水平探索性分析和差异表达

Bioconductor版本:开发(3.13)

在这里，我们使用Bioconductor包介绍了端到端基因水平RNA-seq差异表达流程。我们将从FASTQ文件开始，展示它们是如何与参考基因组对齐的，并准备一个计数矩阵，计算每个样本中每个基因的RNA-seq读取/片段的数量。我们将对质量评估进行探索性数据分析(EDA)，探究样本之间的关系，进行差异基因表达分析，并对结果进行可视化探究。

作者:Michael Love [aut, cre]

维护人员:Michael Love < michaelaiahlove在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.1”)，并输入:

如果(!#初始化使用的Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("rnaseqGene")

对于旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的这个包的版本文档，启动R并输入:

browseVignettes(“rnaseqGene”)

超文本标记语言

R脚本

基因水平的RNA-seq工作流

细节

biocViews	GeneExpressionWorkflow,ImmunoOncologyWorkflow,工作流
版本	1.15.1
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3.0),BiocStyle,气道(> = 1.5.3)更正,tximeta,magrittr,DESeq2,apeglm,vsn,dplyr,ggplot2,hexbin,pheatmap,RColorBrewer,PoiClaClu,glmpca,ggbeeswarm,genefilter,AnnotationDbi,org.Hs.eg.db,ReportingTools,Gviz,股东价值分析,RUVSeq,裂变
进口
链接
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mikelove/rnaseqGene/
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 在你的R会话中使用这个包的说明。

源包	rnaseqGene_1.15.1.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rnaseqGene
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rnaseqGene
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rnaseqGene/
包下载报告	下载数据