rnaseqDTU

DOI:10.18129 / B9.bioc.rnaseqDTU

这是发展rnaseqDTU版本;稳定的发布版本,请参阅rnaseqDTU。

RNA-seq工作流为微分成绩单鲑鱼量化后使用

Bioconductor版本:发展(3.17)

RNA-seq工作流微分成绩单使用鲑鱼量化后(系统)。这个工作流使用Bioconductor包tximport、DRIMSeq DEXSeq执行系统分析模拟数据。它还展示了如何使用经验丰富的人来执行两级的测试里程计,统计框架屏幕在基因水平然后确认成绩单中重要基因显示系统的证据。

迈克尔•爱(aut (cre)作者:夏洛特Soneson (aut)抢劫Patro (aut)

维修工:迈克尔爱< michaelisaiahlove gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“rnaseqDTU”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“rnaseqDTU”)

HTML

R脚本

RNA-seq工作流为微分成绩单鲑鱼量化后使用

细节

biocViews	GeneExpressionWorkflow,ImmunoOncologyWorkflow,工作流
版本	1.19.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0),DRIMSeq,DEXSeq,经验丰富的人,DESeq2,刨边机,rafalib,devtools
进口
链接
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mikelove/rnaseqDTU/
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	rnaseqDTU_1.19.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rnaseqDTU
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rnaseqDTU
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rnaseqDTU/
包下载报告	下载数据