fluentGenomics

DOI:10.18129 / B9.bioc.fluentGenomics

这是发展fluentGenomics版本;稳定版请参见fluentGenomics。

一个plyranges和tximeta工作流程

Bioconductor版本:开发(3.17)

使用plyranges和tximeta包进行流畅的基因组数据分析的扩展工作流程。使用tximeta正确导入RNA-seq转录物定量，并将其总结为基因计数，用于下游分析。使用plyrange明确表达基因组坐标上的操作，并结合差异表达和差异可达性分析的结果。

作者:Stuart Lee [aut, cre]，迈克尔·勒夫[aut, ctb]

维护者:Stuart Lee < Lee。S at wehi.edu.au>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("fluentGenomics")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“fluentGenomics”)

超文本标记语言	R脚本	fluentGenomics
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BasicWorkflow，GeneExpressionWorkflow，工作流
版本	1.11.0
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)
进口	plyranges(> = 1.7.7),dplyr，SummarizedExperiment，readr，统计，效用
链接
建议	knitr，rmarkdown，bookdown，rappdirs，BiocFileCache，DESeq2，limma，ggplot2，tidyr，tximeta(> = 1.4.2),巨噬细胞(> = 1.2.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/sa-lee/fluentGenomics
BugReports	https://github.com/sa-lee/fluentGenomics/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	fluentGenomics_1.11.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fluentGenomics
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/fluentGenomics
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/fluentGenomics/
软件包下载报告	下载数据