CAGEWorkflow

DOI:10.18129 / B9.bioc.CAGEWorkflow

这是发展CAGEWorkflow版本;稳定版请参见CAGEWorkflow

使用R/Bioconductor分析CAGE数据的分步指南

Bioconductor版本:开发(3.16)

使用R/Bioconductor分析Cap分析基因表达(CAGE)数据的工作流程。

作者:Malte Thodberg [aut, cre]

维护者:Malte Thodberg

引文(从R内,输入引用(“CAGEWorkflow”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("CAGEWorkflow")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“CAGEWorkflow”)

超文本标记语言 R脚本 CAGEWorkflow
文本 新闻

细节

biocViews AnnotationWorkflowGeneExpressionWorkflow工作流
版本 1.13.0
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.6.0),CAGEfightR纳米管
进口
链接
建议 knitr魔法rmarkdownBiocStyleBiocWorkflowToolspheatmapggseqlogo冬青magrittrggforceggthemestidyversedplyrGenomicRangesSummarizedExperimentGenomicFeaturesBiocParallelInteractionSetGvizDESeq2limma刨边机statmodBiasedUrn股东价值分析TFBSToolsmotifmatchrpathview, BSgenome.Mmusculus.UCSC。mm9 TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9。knownGene org.Mm.eg.db,JASPAR2016png
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 CAGEWorkflow_1.13.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CAGEWorkflow
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CAGEWorkflow
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/CAGEWorkflow/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网