CAGEWorkflow

DOI:10.18129 / B9.bioc.CAGEWorkflow

这是发展CAGEWorkflow版本;稳定版请参见CAGEWorkflow．

使用R/Bioconductor分析CAGE数据的分步指南

Bioconductor版本:开发(3.16)

使用R/Bioconductor分析Cap分析基因表达(CAGE)数据的工作流程。

作者:Malte Thodberg [aut, cre]

维护者:Malte Thodberg

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("CAGEWorkflow")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CAGEWorkflow”)

超文本标记语言	R脚本	CAGEWorkflow
文本		新闻

细节

biocViews	AnnotationWorkflow，GeneExpressionWorkflow，工作流
版本	1.13.0
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.6.0)，CAGEfightR，纳米管
进口
链接
建议	knitr，魔法，rmarkdown，BiocStyle，BiocWorkflowTools，pheatmap，ggseqlogo，冬青，magrittr，ggforce，ggthemes，tidyverse，dplyr，GenomicRanges，SummarizedExperiment，GenomicFeatures，BiocParallel，InteractionSet，Gviz，DESeq2，limma，刨边机，statmod，BiasedUrn，股东价值分析，TFBSTools，motifmatchr，pathview, BSgenome.Mmusculus.UCSC。mm9 TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9。knownGene org.Mm.eg.db,JASPAR2016，png
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CAGEWorkflow_1.13.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CAGEWorkflow
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CAGEWorkflow
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CAGEWorkflow/
软件包下载报告	下载数据