### R代码从vignette源的affydata。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:affydata。Rnw: 42-44 ################################################### 库(affydata)数据(稀释 ) ################################################### ### 代码块2号:affydata。Rnw: 56-57 ################################################### 稀释 ################################################### ### 代码块3号:affydata。Rnw: 64 - 66 ################################################### phenoData(稀释)pData(稀释 ) ################################################### ### 代码块数量4:affydata。Rnw: 78 - 79 ################################################### pData(稀释)# #注意到扫描仪协变量 ################################################### ### 代码块5号:affydata。Rnw: 89 - 91 ################################################### 票面价值(mfrow = c(1,1))箱线图(稀释,坳= c(2、2、3、3 )) ################################################### ### 代码块6号:affydata。Rnw: 112 - 113 ################################################### 选项(警告= 1 ) ################################################### ### 代码块7号:affydata。Rnw: 117 - 120 ################################################### gn < -样本(geneNames(稀释),100)# #选择只有少数基因pms < - pm(稀释[3:4],gn) mva.pairs(经前综合症 ) ################################################### ### 代码块8号:affydata。Rnw: 129 - 131 ################################################### 归一化。稀释< - Biobase::结合(正常化(稀释[1:2]),正常化(稀释[3:4 ])) ################################################### ### 代码块9号:affydata。Rnw: 140 - 141 ################################################### normalize.methods(稀释 ) ################################################### ### 代码块10号:affydata。Rnw: 153 - 154 ################################################### 箱线图(归一化。稀释,坳= c(2、2、3、3),主要= "规范化数组 ") ################################################### ### 代码块11号:affydata。Rnw: 164 - 166 ################################################### 经前综合症< - pm(归一化。稀释[，3:4]，gn) mva.pairs(pms)