systemPipeRdata

DOI:10.18129 / B9.bioc.systemPipeRdata

这是发展systemPipeRdata版本;稳定版请参见systemPipeRdata．

systemPipeRdata:工作流模板和示例数据

Bioconductor版本:开发(3.16)

systemPipeRdata是一个帮助包，它用一个命令生成NGS工作流模板，供其父包systemPipeR使用。后者是为下一代序列(NGS)应用程序(如RNA-Seq、RIBO-Seq、ChIP-Seq、VAR-Seq和许多其他应用程序)构建端到端分析管道的环境。systemPipeR的概述部分给出了使用systemPipeRdata的详细示例。

作者:Thomas Girke

维护者:Thomas Girke < Thomas。Girke在ucr.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("systemPipeRdata")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“systemPipeRdata”)

超文本标记语言	R脚本	systemPipeRdata:工作流模板和示例数据
超文本标记语言	R脚本	WF: ChIP-Seq工作流模板
超文本标记语言	R脚本	RIBO-Seq工作流模板
超文本标记语言	R脚本	RNA-Seq工作流模板
超文本标记语言	R脚本	VAR-Seq模板
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，ChIPSeq，报道，DataImport，ExperimentData，GeneExpression，GeneSetEnrichment，遗传学，ImmunoOncology，基础设施，MethylSeq，质量控制，RNASeq，RiboSeq，单核苷酸多态性，测序，WorkflowStep
版本	2.1.1
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	方法,Biostrings，BiocGenerics，jsonlite，遥控器
链接
建议	GenomicFeatures，GenomicRanges，IRanges，Rsamtools，ShortRead，rtracklayer，RUnit，BiocStyle，knitr，rmarkdown，systemPipeR
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/tgirke/systemPipeRdatahttps://systempipe.org/
全靠我
进口我	RNASeqR
建议我	systemPipeR，systemPipeShiny
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	systemPipeRdata_2.1.1.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/systemPipeRdata
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/systemPipeRdata
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/systemPipeRdata/
软件包下载报告	下载数据