空间Libd

doi：10.18129/b9.bioc.spatiallibd

这是发展spatiallibd的版本;对于稳定版本，请参阅空间Libd。

空间Libd：一个R/生物导体包，可视化空间分辨的转录组学数据

生物导体版本：开发（3.16）

从10倍基因组学平台以及Maynard，Collado-Torres等人，Nature Neuroscience，2021年，Lieber Brain Institute（LIBD）研究人员和协作者分析的项目项目中，从10倍基因组学平台以及来自Maynard，Collado-Torres等人的数据进行交互式检查。

作者：Leonardo Collado-Torres [AUT，CRE]，克里斯汀·R·梅纳德[CTB]，Andrew E. Jaffe [CTB]，Brenda Pardo [CTB]，Abby Spangler [CTB]，JesúsVélez圣地亚哥[CTB]，Lukas M. Weber [CTB]

维护者：leonardo collado-torres

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ spatiallibd”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ spatiallibd”）

html	R脚本	Pastiallibd简介
html	R脚本	使用与10倍基因组学公共数据集的空间Libd
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	实验数据，，，，实验室，，，，表达数据，，，，homo_sapiens_data，，，，packagetypedata，，，，序列数据，，，，Singlecelldata，，，，spatialdata，，，，组织
版本	1.9.3
执照	艺术2.0
要看	Spatiaxlexperiment（> = 1.3.3），R（> = 3.6）
进口	闪亮的，，，，魔像，，，，GGPLOT2，，，，牛仔图，，，，情节，，，，Viridislite，，，，闪亮的widgets，，，，SessionInfo，网格，grdevices，方法，AnnotationHub，utils，PNG，，，，评分，，，，DT，，，，实验室，，，，rcolorbrewer，，，，总结性特征，统计，图形，S4VECTORS，，，，iranges，，，，字段，，，，基准，，，，Singlecellexperiment，，，，Biocfilecache，，，，jsonlite，，，，蒂布尔，，，，rtracklayer，，，，矩阵，，，，生物基因，，，，基因组机，，，，魔术，，，，调色板
链接
建议	尼特，，，，Refmanager，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，测试（> = 2.1.0），COVR，，，，这里，，，，生物管理器，，，，lobstr
系统要求
增强
URL	https://github.com/lieberinstitute/spatiallibd
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/spatiallibd
取决于我
进口我
建议我	BAYESSPACE
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	spatiallibd_1.9.3.3.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spatiallibd
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/spatiallibd
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/spatiallibd/
软件包下载报告	下载统计