seqc

DOI:10.18129 / B9.bioc.seqc

这是发展seqc版本;稳定的发布版本,请参阅seqc。

从SEQC RNA-seq生成的数据(MAQC-III)研究

Bioconductor版本:发展(3.18)

SEQC / MAQC-III财团已经产生了基准RNA-seq数据评估的核糖核酸测序技术和数据分析方法(生物科技Nat》, 2014)。数十亿的序列读取来自十个不同的测序网站已经生成。这个包包含了~ 2000测序读计数数据库。它还包括所有exon-exon连接研究的发现。~ 1000个基因和ERCC TaqMan rt - pcr数据激增序列数据都包含在这个包中。

作者:杨廖和施魏从戈登·K史密斯和史蒂夫Lianoglou贡献。

维护人员:杨廖<杨。廖onjcri.org.au >和<魏魏史。史在onjcri.org.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“seqc”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“seqc”)

PDF	R脚本	SEQC装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExperimentData,RNASeqData,SequencingData,qPCRData
版本	1.35.0
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 2.10)
进口	跑龙套,Biobase
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/release/data/experiment/html/seqc.html
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	seqc_1.35.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seqc
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ seqc
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/seqc/
包下载报告	下载数据