scRNAseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.scRNAseq

这是发展scRNAseq版本;稳定版请参见scRNAseq．

公共单细胞RNA-Seq数据集的收集

Bioconductor版本:开发(3.16)

基因级计数用于公共scRNA-seq数据集的集合，作为singlecel实验对象提供细胞级和基因级元数据。

作者:Davide Risso [aut, cph]， Michael Cole [aut]， Aaron Lun [ctb, cre]， Alan O'Callaghan [ctb]， Jens Preussner [ctb]， Charlotte Soneson [ctb]， Stephany Orjuela [ctb]， Daniel Bunis [ctb]， Milan Malfait [ctb]

维护者:Aaron Lun 的键盘

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("scRNAseq")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“scRNAseq”)

超文本标记语言	R脚本	用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExperimentData，ExperimentHub，ExpressionData，RNASeqData，SequencingData，SingleCellData
版本	2.11.0
许可证	CC0
取决于	SingleCellExperiment
进口	跑龙套、方法BiocGenerics，S4Vectors，GenomicRanges，SummarizedExperiment，ExperimentHub(> = 2.3.4),AnnotationHub(> = 3.3.6),AnnotationDbi，ensembldb，GenomicFeatures
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，BiocFileCache，testthat，rappdirs、工具
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	OSCA。advanced, OSCA.intro, OSCA。工作流,SingleRBook
进口我	singleCellTK
建议我	APL，后面;，咆哮，命运，dittoSeq，Glimma，iSEE，iSEEhex，iSEEu，miQC，mumosa，scAnnotatR，嘘，scDblFinder，scFeatureFilter，司康饼，食物，scTreeViz，天窗，SingleCellExperiment，单，SummarizedBenchmark，UCell，伶盗龙，zellkonverter，zinbwave
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	scRNAseq_2.11.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scRNAseq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scRNAseq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scRNAseq/
软件包下载报告	下载数据