scRNAseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.scRNAseq

这是发展scRNAseq版本;稳定版请参见scRNAseq

公共单细胞RNA-Seq数据集的收集

Bioconductor版本:开发(3.16)

基因级计数用于公共scRNA-seq数据集的集合,作为singlecel实验对象提供细胞级和基因级元数据。

作者:Davide Risso [aut, cph], Michael Cole [aut], Aaron Lun [ctb, cre], Alan O'Callaghan [ctb], Jens Preussner [ctb], Charlotte Soneson [ctb], Stephany Orjuela [ctb], Daniel Bunis [ctb], Milan Malfait [ctb]

维护者:Aaron Lun 的键盘

引文(从R内,输入引用(“scRNAseq”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("scRNAseq")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“scRNAseq”)

超文本标记语言 R脚本 用户指南
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews ExperimentDataExperimentHubExpressionDataRNASeqDataSequencingDataSingleCellData
版本 2.11.0
许可证 CC0
取决于 SingleCellExperiment
进口 跑龙套、方法BiocGenericsS4VectorsGenomicRangesSummarizedExperimentExperimentHub(> = 2.3.4),AnnotationHub(> = 3.3.6),AnnotationDbiensembldbGenomicFeatures
链接
建议 BiocStyleknitrrmarkdownBiocFileCachetestthatrappdirs、工具
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我 OSCA。advanced, OSCA.intro, OSCA。工作流,SingleRBook
进口我 singleCellTK
建议我 APL后面;咆哮命运dittoSeqGlimmaiSEEiSEEhexiSEEumiQCmumosascAnnotatRscDblFinderscFeatureFilter司康饼食物scTreeViz天窗SingleCellExperimentSummarizedBenchmarkUCell伶盗龙zellkonverterzinbwave
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 scRNAseq_2.11.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scRNAseq
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scRNAseq
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/scRNAseq/
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