scATAC.Explorer

DOI:10.18129 / B9.bioc.scATAC.Explorer

这是发展scATAC.Explorer版本;稳定的发布版本,请参阅scATAC.Explorer。

一个单细胞ATAC测序数据集和相应的元数据的集合

Bioconductor版本:发展(3.18)

这个包提供了一个工具来搜索和下载一个公开可用的集合单细胞ATAC-seq数据及其元数据。scATAC-Explorer旨在作为一个单一的入口点为用户寻求研究单细胞ATAC-seq数据。用户可以快速搜索可用的数据集使用的元数据表和下载感兴趣的数据集内立即分析R。

作者:Arrian Gibson-Khademi (aut (cre),埃里克·克里斯滕森(aut) Parisa Shooshtari (aut)

维护人员:Arrian Gibson-Khademi < agibsonk在uwo.ca >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“scATAC.Explorer”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“scATAC.Explorer”)

HTML	R脚本	scATAC.Explorer
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExperimentData,ExpressionData,地理,基因组,PackageTypeData,SequencingData,SingleCellData,组织
版本	1.7.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1),SingleCellExperiment,BiocFileCache、数据。表、跑龙套S4Vectors
进口	方法,矩阵
链接
建议	BiocStyle,rmarkdown knitr testthat (> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/shooshtarilab/scATACseq/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scATAC.Explorer_1.7.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scATAC.Explorer
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scATAC.Explorer
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scATAC.Explorer/
包下载报告	下载数据