pasillaBamSubset

DOI:10.18129 / B9.bioc.pasillaBamSubset

这是发展pasillaBamSubset版本;稳定的发布版本,请参阅pasillaBamSubset。

BAM的子集文件从“Pasilla”实验

Bioconductor版本:发展(3.16)

BAM文件untreated1子集。bam(单头读)和untreated3。bam (paired-end读取)从“Pasilla”实验(Pasilla混战,布鲁克斯et al .,基因组研究2011)。看到的小插图pasilla数据包如何untreated1 BAM文件。bam untreated3。bam RNA-Seq读取序列数据的获得是由NCBI基因表达综合下加入数字GSM461176 GSM461181。还包含飞4号染色体的DNA序列读取可以映射。

作者:Herve页面

维护人员:< hpages.on Herve页面。github在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“pasillaBamSubset”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	DNASeqData,ExperimentData,基因组,RNASeqData
版本	0.35.0
许可证	LGPL
取决于
进口
链接
建议	pasilla
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	APAlyzer,GenomicAlignments,GenomicFeatures,GenomicRanges,gmoviz,IRanges,karyoploteR,plyranges,TransView
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	pasillaBamSubset_0.35.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pasillaBamSubset
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ pasillaBamSubset
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/pasillaBamSubset/
包下载报告	下载数据