parathyroidSE

DOI:10.18129 / B9.bioc.parathyroidSE

这是发展parathyroidSE版本;稳定的发布版本,请参阅parathyroidSE。

RangedSummarizedExperiment RNA-Seq甲状旁腺肿瘤的主要文化的Haglund et al .,中国性金属底座2012。

Bioconductor版本:发展(3.17)

这个包提供了RangedSummarizedExperiment基因和阅读的对象数量其实零件paired-end RNA-Seq甲状旁腺肿瘤的数据来自实验小学文化。本文中给出的数据是“证据功能的雌激素受体在甲状旁腺腺瘤”Haglund F,马R,鲨鱼肉米,Sulaiman L, M,尼尔森,这位,Juhlin CC,哈特曼J,拉尔森C,中国性金属底座。jc。2012 - 2484,Epub 2012年9月28日,PMID: 23024189。序列进行2次肿瘤患者文化从4分/ 3条件(DPN, OHT和控制)。一个控制样本由论文作者省略了由于低质量。包小插图描述对象的创建从NCBI基因表达所提供的原始测序数据综合下加入GSE37211数量。基因和外显子的特性是GRCh37运用注释。

作者:迈克尔的爱

维修工:迈克尔爱< michaelisaiahlove gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“parathyroidSE”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“parathyroidSE”)

PDF	R脚本	parathyroidGenesSE
PDF		参考手册

细节

biocViews	ExperimentData,RNASeqData,SequencingData
版本	1.37.0
许可证	LGPL
取决于	R (> = 3.5.0),SummarizedExperiment
进口
链接
建议	Rsamtools,GenomicAlignments,GEOquery,SRAdb,GenomicFeatures,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	ClassifyR,DEXSeq
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	parathyroidSE_1.37.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/parathyroidSE
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ parathyroidSE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/parathyroidSE/
包下载报告	下载数据