imcdatasets

DOI:10.18129 / B9.bioc.imcdatasets

这是发展imcdatasets的版本;稳定版请参见imcdatasets．

收集公开可用的成像大规模细胞术(IMC)数据集

Bioconductor版本:开发(3.17)

imcdatasets包提供了对公开可用的IMC数据集的访问。IMC是一种能够从组织切片中测量> 40蛋白的技术。生成的图像可以分割以提取单细胞数据。数据集通常由三个元素组成:包含单cell数据的singlecel实验对象、包含多通道图像的CytoImageList对象和包含用于从图像中提取单cell数据的cell掩码的CytoImageList对象。

作者:尼古拉斯·戴蒙德[aut, cre]，艾林[ctb]，费希尔·嘉娜[ctb]

维护者:Nicolas Damond < Nicolas。戴蒙德在dqbm.uzh.ch>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("imcdatasets")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“imcdatasets”)

超文本标记语言	R脚本	访问IMC数据集
超文本标记语言	R脚本	贡献指南和数据集格式
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ExperimentData，ExperimentHub，Homo_sapiens_Data，ImmunoOncologyData，PackageTypeData，ReproducibleResearch，SingleCellData，SpatialData，TechnologyData，组织
版本	1.7.0
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 4.2)，SingleCellExperiment，SpatialExperiment，cytomapper
进口	方法,跑龙套,ExperimentHub，S4Vectors，DelayedArray，HDF5Array
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，减价，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BodenmillerGroup/imcdatasets
BugReports	https://github.com/BodenmillerGroup/imcdatasets/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	imcdatasets_1.7.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/imcdatasets
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/imcdatasets
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/imcdatasets/
软件包下载报告	下载数据