emtdata

DOI:10.18129 / B9.bioc.emtdata

这是发展emtdata版本;稳定的发布版本,请参阅emtdata。

ExperimentHub包的数据集和一个上皮间充质转变(EMT)

Bioconductor版本:发展(3.17)

这个包提供了预处理RNA-seq数据,上皮间充质转变在细胞系诱导。这些数据来自三个出版物Cursons et al。(2015), Cursons etl。(2018)和Foroutan et al。(2017)。在每一个出版物,EMT是诱发跨多个细胞系治疗由TGFb等兴奋剂。这些数据将是有用的在决定为了实现急诊医疗监管程序修改。数据处理的戴维斯在生物信息学实验室部门WEHI。

作者:Malvika d Kharbanda (aut (cre),下巴小棕褐色(aut),Dharmesh d Bhuva (aut)

维护人员:Malvika d Kharbanda < Kharbanda。米在wehi.edu.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“emtdata”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“emtdata”)

HTML	R脚本	emtdata
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExperimentData,ExperimentHub,ExpressionData,Homo_sapiens_Data,RNASeqData
版本	1.7.0
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	刨边机,ExperimentHub,SummarizedExperiment
链接
建议	testthat(> = 3.0.0),stringr,plyr,prettydoc,BiocStyle,Homo.sapiens,RColorBrewer,rmarkdown,BiocFileCache,knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/DavisLaboratory/emtdata
BugReports	https://github.com/DavisLaboratory/emtdata/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	emtdata_1.7.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/emtdata
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ emtdata
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/emtdata/
包下载报告	下载数据