curatedMetagenomicData

DOI:10.18129 / B9.bioc.curatedMetagenomicData

这是发展curatedMetagenomicData版本;稳定的发布版本,请参阅curatedMetagenomicData。

人类微生物组的策划宏基因组数据

Bioconductor版本:发展(3.17)

curatedMetagenomicData包提供了标准化、策划为小说分析人类微生物组数据。它包括基因家族,标记,标记的存在,途径丰富,路径覆盖率,和相对丰富的样本收集从不同的网站。细菌、真菌和古细菌分类为每个样本计算丰度与MetaPhlAn3和代谢功能与HUMAnN3潜在的计算。手动策划样本元数据和标准化的宏基因组数据是可用的(树)SummarizedExperiment对象。

作者:卢卡斯希弗(aut (cre)利未,沃尔德伦(aut) Edoardo Pasolli[所有],詹妮弗Wokaty[所有],肖恩·戴维斯(施),奥黛丽Renson[所有],克洛伊Mirzayi[所有],保罗Manghi[所有],塞缪尔Gamboa-Tuz[所有],马塞尔•拉莫斯(施),瓦莱丽Obenchain[所有],凯利Eckenrode[所有],尼古拉Segata(施)

维护人员:卢卡斯希弗<希弗。卢卡斯在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“curatedMetagenomicData”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“curatedMetagenomicData”)

HTML	R脚本	curatedMetagenomicData
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExperimentData,ExperimentHub,Homo_sapiens_Data,MicrobiomeData,ReproducibleResearch
版本	3.7.2章
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1.0),SummarizedExperiment,TreeSummarizedExperiment
进口	AnnotationHub,ExperimentHub,S4Vectors,dplyr,magrittr,米娅,purrr,rlang,stringr,宠物猫,tidyr,tidyselect
链接
建议	BiocStyle,DT,knitr,readr,rmarkdown,嘘,testthat跑龙套,uwot,素食主义者
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/waldronlab/curatedMetagenomicData
BugReports	https://github.com/waldronlab/curatedMetagenomicData/issues
取决于我
进口我
建议我	lefser,MMUPHin
我的链接
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	curatedMetagenomicData_3.7.2.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/curatedMetagenomicData
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ curatedMetagenomicData
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/curatedMetagenomicData/
包下载报告	下载数据