气道

DOI:10.18129 / B9.bioc.airway

这是发展气道版本;稳定版请参见气道．

气道平滑肌细胞中RNA-Seq的范围总结实验，由Himes等人，PLoS One 2014

Bioconductor版本:开发(3.14)

本包提供了一个用于四种经地塞米松处理的人气道平滑肌细胞系的RNA-Seq实验的基因读计数的范围总结实验对象。详细的基因模型和读计数程序提供在包装小插图。实验引用文献为:Himes BE, Jiang X, Wagner P, Hu R, Wang Q, Klanderman B, Whitaker RM, Duan Q, Lasky-Su J, Nikolos C, Jester W, Johnson M, Panettieri R Jr, Tantisira KG, Weiss ST, Lu Q。“RNA-Seq转录组分析发现CRISPLD2是一种糖皮质激素反应基因，可调节气道平滑肌细胞中的细胞因子功能。”公共科学图书馆，2014年6月13日;9(6):e99625。PMID: 24926665。地理:GSE52778。

作者:迈克尔·洛夫

维护者:Michael Love

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("airway")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“气道”)

超文本标记语言	R脚本	气道平滑肌细胞
PDF		参考手册

细节

biocViews	ExperimentData，地理，RNASeqData，SequencingData
版本	1.13.0
许可证	LGPL
取决于	R (>= 3.5.0)，SummarizedExperiment
进口
链接
建议	knitr，GEOquery，减价
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	rnaseqGene
进口我	consensusDE
建议我	apeglm，awst，biobroom，BioCor，BiocSet，CeTF，DelayedArray，DESeq2，EnhancedVolcano，EnrichmentBrowser，ExperimentSubset，理想的，IHW，IHWpaper，InteractiveComplexHeatmap，iSEEu，OPWeight，pathwayPCA，pcaExplorer，PCAtools，后代，RegParallel，runibic，SummarizedExperiment，TTMap，weitrix
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	airway_1.13.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/airway
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/airway
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/airway/
软件包下载报告	下载数据