TMExplorer

DOI:10.18129 / B9.bioc.TMExplorer

这是发展TMExplorer版本;稳定的发布版本,请参阅TMExplorer。

肿瘤微环境的集合单细胞RNA序列数据集和相应的元数据

Bioconductor版本:发展(3.17)

这个包提供了一个工具来搜索和下载的肿瘤微环境单细胞RNA序列数据和元数据。TMExplorer旨在作为一个单一的入口点为用户想研究肿瘤微环境在单细胞水平。用户可以快速搜索可用的数据集使用的元数据表,然后下载他们感兴趣的进行分析。

作者:埃里克·克里斯滕森(aut (cre) Alaine奈妲(aut),大卫·陈(aut) Parisa Shooshtari (aut)

维修工:埃里克·克里斯坦森< echris3在uwo.ca >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“TMExplorer”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“TMExplorer”)

HTML	R脚本	TMExplorer
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CancerData,ExperimentData,ExpressionData,地理,PackageTypeData,RNASeqData,SequencingData,SingleCellData
版本	1.9.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1),SingleCellExperiment,BiocFileCache
进口	方法,矩阵
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/shooshtarilab/TMExplorer/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	TMExplorer_1.9.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TMExplorer
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TMExplorer
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TMExplorer/
包下载报告	下载数据