SingleCellMultiModal

DOI:10.18129 / B9.bioc.SingleCellMultiModal

这是发展SingleCellMultiModal版本;稳定的发布版本,请参阅SingleCellMultiModal。

集成多单细胞实验数据集

Bioconductor版本:发展(3.17)

SingleCellMultiModal ExperimentHub包,提供多个数据集从地理和其他来源获得和代表MultiAssayExperiment对象。我们提供几个综合数据集包括scNMT 10 x Multiome seqFISH, CITEseq, SCoPE2等等。包的范围是提供数据为基准测试和分析。

作者:马塞尔•拉莫斯(aut (cre),Ricard Argelaguet (aut),达里奥Righelli (aut),凯利Eckenrode (aut),李维沃尔德伦(aut)

维护人员:马塞尔·拉莫斯<烫发。拉莫斯在roswellpark.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“SingleCellMultiModal”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SingleCellMultiModal”)

HTML	R脚本	CITEseq脐带血
HTML	R脚本	ECCITEseq外周血
HTML	R脚本	GT-seq小鼠胚胎
HTML	R脚本	scMultiome 10 x PBMC
HTML	R脚本	scNMT鼠标原肠胚形成
HTML	R脚本	SCoPE2:巨噬细胞和单核细胞
HTML	R脚本	seqFISH鼠标视觉皮层
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExperimentData,ExperimentHub,地理,ReproducibleResearch,SingleCellData
版本	1.11.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.2.0),MultiAssayExperiment
进口	AnnotationHub,BiocFileCache,BiocGenerics,ExperimentHub,HDF5Array,S4Vectors,SingleCellExperiment,SpatialExperiment,SummarizedExperiment,矩阵、方法、跑龙套
链接
建议	BiocStyle,ggplot2,knitr,RaggedExperiment,rmarkdown,嘘,食物,UpSetR,uwot
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/waldronlab/SingleCellMultiModal/issues
取决于我
进口我
建议我	MuData
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SingleCellMultiModal_1.11.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SingleCellMultiModal
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SingleCellMultiModal
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SingleCellMultiModal/
包下载报告	下载数据