Single.mTEC.Transcriptomes

DOI:10.18129 / B9.bioc.Single.mTEC.Transcriptomes

这是发展Single.mTEC.Transcriptomes版本;稳定版请参见Single.mTEC.Transcriptomes．

小鼠mTEC细胞的单细胞转录组数据及分析

Bioconductor版本:开发(3.17)

该数据包包含用于分析单细胞RNA-seq和大量ATAC-seq数据的代码，这些数据来自题为:单细胞转录组分析揭示髓质胸腺上皮细胞中协调的异位基因表达模式。本文发表于Nature Immunology 16933 -941(2015)。此包中提供的数据对象已经过预处理:原始数据文件可以在登录标识符E-MTAB-3346和E-MTAB-3624下从ArrayExpress下载。该数据包的小插图提供了一个文档化的和可复制的工作流，其中包括用于从手稿中生成每个统计数据和图形的代码。

作者:Alejandro Reyes

维护者:Alejandro Reyes < Alejandro . Reyes。Ds在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("Single.mTEC.Transcriptomes")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Single.mTEC.Transcriptomes”)

PDF	R脚本	单细胞mTEC数据分析。
PDF		参考手册

细节

biocViews	ExperimentData
版本	1.27.0
许可证	LGPL
取决于	R (>= 3.5.0)
进口
链接
建议	DESeq2，GenomicRanges，GenomicFeatures，genefilter，statmod，gdata，RColorBrewer，ggplot2，gplots，集群，线索、网格gridExtra，ggbio，Gviz，geneplotter，matrixStats，pheatmap，BiocStyle，knitr，BiocParallel
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	Single.mTEC.Transcriptomes_1.27.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Single.mTEC.Transcriptomes
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Single.mTEC.Transcriptomes
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Single.mTEC.Transcriptomes/
软件包下载报告	下载数据