NxtIRFdata

DOI:10.18129 / B9.bioc.NxtIRFdata

这是发展NxtIRFdata的版本;稳定版请参见NxtIRFdata．

NxtIRF的数据

Bioconductor版本:开发(3.17)

NxtIRFdata是SpliceWiz的配套包，SpliceWiz是一种交互式分析和可视化工具，用于RNA-seq BAM文件的替代剪接定量(包括内含子保留)。NxtIRFdata包含生成人和鼠标引用所需的映射能力文件。NxtIRFdata还包含一个合成基因组引用和用于演示SpliceWiz功能的示例BAM文件。BAM文件基于NCBI基因表达Omnibus提供的leuegene数据集的6个样本，登录号为GSE67039。

作者:Alex Chit Hei Wong [aut, cre, cph]， Ulf Schmitz [ctb]

维护者:Alex Chit Hei Wong

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("NxtIRFdata")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“NxtIRFdata”)

超文本标记语言	R脚本	NxtIRFdata: NxtIRF的数据包
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ExperimentData，ExperimentHub，ExpressionData，基因组，PackageTypeData，RNASeqData
版本	1.5.0
许可证	MIT +文件许可证
取决于
进口	ExperimentHub，BiocFileCache，rtracklayer，R.utils
链接
建议	testthat(> = 3.0.0),knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/alexchwong/NxtIRFdata
BugReports	https://support.bioconductor.org/
全靠我	NxtIRFcore，SpliceWiz
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	NxtIRFdata_1.5.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NxtIRFdata
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/NxtIRFdata
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NxtIRFdata/
软件包下载报告	下载数据