NestLink

DOI:10.18129 / B9.bioc.NestLink

这是发展NestLink版本;稳定的发布版本,请参阅NestLink。

NestLink R数据包通过工程肽条形码指导深入分析结合蛋白的集合体

Bioconductor版本:发展(3.16)

提供了下一代测序(上天)和质谱(MS)样本数据,用于开发NestLink代码片段和复制材料。NestLink方法是一种蛋白质粘合剂选择和识别技术能够生物物理描述成千上万的库成员一旦没有处理单个克隆在任何阶段的过程。数据获得在门店和女士平台在功能基因组学中心苏黎世。

作者:帕斯卡Egloff (aut)伊万,齐默尔曼(施),费边·m·阿诺德(施),塞德里克A.J. Hutter(施),Lennart Opitz (aut (cre),露西Poveda(施),Hans-Anton Keserue[所有],基督教Panse (aut,施莱),贝恩德•Roschitzki (aut),马库斯·西格(aut)

维护人员:Lennart Opitz < lopitz在fgcz.ethz.ch >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“NestLink”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“NestLink”)

HTML	R脚本	0。模拟flycode属性。
HTML	R脚本	1。高质量链接flycode挥动过滤和nanobody序列。
HTML	R脚本	2。使用ESP和中心预测分析flycode检测能力
HTML	R脚本	3所示。比较预测和观察flycodes使用F255744疏水性的价值观。
HTML	R脚本	4所示。控制实验通过flycodes评估蛋白质检测的鲁棒性(NMETH-A35040增刊。1)指出。
HTML	R脚本	5。使数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExperimentData,ExperimentHub,MassSpectrometryData,ReproducibleResearch,SequencingData
版本	1.13.0
许可证	GPL
取决于	R (> = 3.6),AnnotationHub(> = 2.15),ExperimentHub(> = 1.0),Biostrings(> = 2.51),gplots(> = 3.0),protViz(> = 0.4),ShortRead(> = 1.41)
进口	grDevices、图形数据,跑龙套
链接
建议	BiocStyle(> = 2.2),DT,ggplot2,knitr,rmarkdown,testthat,specL,晶格,尺度
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	NestLink_1.13.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NestLink
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ NestLink
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NestLink/
包下载报告	下载数据