NanoporeRNASeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.NanoporeRNASeq

这是发展NanoporeRNASeq版本;稳定的发布版本,请参阅NanoporeRNASeq。

纳米孔RNA-Seq示例数据

Bioconductor版本:发展(3.16)

NanoporeRNASeq包包含长阅读RNA-Seq数据生成使用牛津纳米孔测序。6个样本的数据由两个人类细胞系K562和MCF7 SG-NEx生成的项目。这些细胞系有三个复制,1直接RNA序列数据和2 cDNA序列数据。读取正确对齐,22号染色体(Grch38)和存储为bam文件。原始数据来自SG-NEx项目。

作者:乔纳森Goeke (aut),应陈(cre),趣事祺Wan (aut)

维护人员:应陈< chen_ying在gis.a-star.edu.sg >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“NanoporeRNASeq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“NanoporeRNASeq”)

HTML	R脚本	NanoporeRNASeq
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ExperimentData,ExperimentHub,基因组,RNASeqData,SequencingData
版本	1.7.0
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 4.0.0),ExperimentHub(> = 1.15.3)
进口
链接
建议	knitr,bambu,ggbioBSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38,circlize,ComplexHeatmap,apeglm,rlang,rmarkdown,GenomicAlignments,Rsamtools
SystemRequirements
增强了	平行
URL	https://github.com/GoekeLab/NanoporeRNASeq
取决于我
进口我
建议我	bambu
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	NanoporeRNASeq_1.7.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NanoporeRNASeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ NanoporeRNASeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NanoporeRNASeq/
包下载报告	下载数据