MerfishData

DOI:10.18129 / B9.bioc.MerfishData

这是发展MerfishData版本;稳定的发布版本,请参阅MerfishData。

公共MERFISH数据集的集合

Bioconductor版本:发展(3.18)

MerfishData ExperimentHub包,可以公开获得的数据集和多路复用Error-Robust荧光原位杂交(MERFISH)。MERFISH是一个大规模多路单分子成像技术能够同时测量的拷贝数和空间分布数百成千上万的RNA物种在单个细胞。包的范围是提供MERFISH基准测试和数据分析。

作者:路德维希Geistlinger (aut (cre)李泰龙(施),海伦娜Crowell(施)杰弗里·莫菲特(aut)罗伯特·绅士(aut)

维护人员:路德维希Geistlinger < ludwig_geistlinger hms.harvard.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“MerfishData”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“MerfishData”)

HTML	R脚本	老鼠的下丘脑
HTML	R脚本	鼠标回肠
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExperimentData,ExperimentHub,ExpressionData,HighThroughputImagingData,Mus_musculus_Data,SingleCellData,SpatialData
版本	1.3.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.2.0),EBImage,SpatialExperiment
进口	grDevices,AnnotationHub,BumpyMatrix,ExperimentHub,S4Vectors,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment
链接
建议	网格,ggplot2、ggpubr knitr、rmarkdown testthat,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ccb-hms/MerfishData
BugReports	https://github.com/ccb-hms/MerfishData/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MerfishData_1.3.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MerfishData
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MerfishData
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MerfishData/
包下载报告	下载数据