HMP2Data

DOI:10.18129 / B9.bioc.HMP2Data

这是发展HMP2Data版本;稳定版请参见HMP2Data．

16s rRNA测序数据来自人类微生物组项目2

Bioconductor版本:开发(3.17)

HMP2Data是人类微生物组计划2 (HMP2) 16S rRNA测序数据的Bioconductor包。处理后的数据以phyloseq、summarizeexperiment和MultiAssayExperiment类对象的形式提供。用于构建这些S4类对象的单个矩阵和data.frames也在包中提供。

作者:John Stansfield ，叶卡捷琳娜·斯米尔诺娃<叶卡捷琳娜。Smirnova在vcuhealth.org>，Ni Zhao , Jennifer Fettweis , Levi Waldron , Mikhail Dozmorov

维护者:John Stansfield ， Ekaterina Smirnova < Ekaterina。Smirnova在vcuhealth.org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("HMP2Data")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“HMP2Data”)

超文本标记语言	R脚本	HMP2Data
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ExperimentData，Homo_sapiens_Data，MicrobiomeData，ReproducibleResearch，SequencingData
版本	1.13.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.6.0)
进口	AnnotationHub，为了，dplyr，ExperimentHub，kableExtra，knitr，magrittr、方法、readr，S4Vectors，SummarizedExperiment，phyloseq，MultiAssayExperiment，data.table
链接
建议	Biobase，BiocCheck，BiocManager，BiocStyle，cowplot，devtools，ggplot2，gridExtra，还，rmarkdown，roxygen2统计数据,testthat，宠物猫，UpSetR
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jstansfield0/HMP2Data
BugReports	https://github.com/jstansfield0/HMP2Data/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	HMP2Data_1.13.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HMP2Data
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/HMP2Data
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HMP2Data/
软件包下载报告	下载数据