FlowSorted.Blood.EPIC

DOI:10.18129 / B9.bioc.FlowSorted.Blood.EPIC

这是发展版本的flowsort . blood . epic;稳定版请参见FlowSorted.Blood.EPIC．

Illumina EPIC免疫磁分选成人外周血细胞数据

Bioconductor版本:开发(3.17)

在minfi和类似的包中用于血细胞比例估计的原始数据对象。FlowSorted.Blood.EPIC对象是基于Brock Christensen及其同事分析的样本;详情见Salas et al. 2018。https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE110554。

作者:Lucas A. Salas [cre, aut]， Devin C. Koestler [aut]， Rondi A. Butler [ctb]， Helen M. Hansen [ctb]， John K. Wiencke [ctb]， Karl T. Kelsey [ctb]， Brock C. Christensen [ctb]， Kasper Daniel Hansen [ctb] (minfi estimateCellCounts和内部函数的原始作者和维护者)，Jean-Philippe Fortin [ctb] (minfi estimateCellCounts和内部函数的原始贡献者)，Shan V. Andrews [ctb] (minfi estimateCellCounts和内部函数的原始贡献者)，E. Andres Houseman [ctb](用于细胞投影的原始二次规划函数的作者)，Andrew E. Jaffe [ctb] (minfi中的原始estimateCellCounts和内部函数的作者)

维护者:Lucas A. Salas < Lucas .a.salas。Diaz，达特茅斯。edu>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("FlowSorted.Blood.EPIC")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“FlowSorted.Blood.EPIC”)

超文本标记语言	R脚本	FlowSorted.Blood.EPIC
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExperimentData，基因组，Homo_sapiens_Data，MethylationArrayData，MicroarrayData，组织，TissueMicroarrayData
版本	tripwire
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5)，minfi(> = 1.21.2),ExperimentHub
进口	genefilter，nlme，quadprog，图形，统计，utils，AnnotationHub，SummarizedExperiment，S4Vectors
链接
建议	knitr，rmarkdown，FlowSorted.CordBlood.450k，FlowSorted.Blood.450k(> = 1.0.1),EpiDISH，FlowSorted.CordBloodNorway.450k，testthat，IlluminaHumanMethylation450kmanifest(> = 0.2.0),IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19(> = 0.2.1),IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19
SystemRequirements
增强了	FlowSorted.CordBloodCombined.450k(> = 1.11.5)
URL	https://github.com/immunomethylomics/FlowSorted.Blood.EPIC
BugReports	https://github.com/immunomethylomics/FlowSorted.Blood.EPIC/issues。
全靠我
进口我
建议我	DMRcate，FlowSorted.CordBloodCombined.450k，西瓜
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	FlowSorted.Blood.EPIC_2.3.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FlowSorted.Blood.EPIC
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/FlowSorted.Blood.EPIC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/FlowSorted.Blood.EPIC/
软件包下载报告	下载数据