BioPlex

DOI:10.18129 / B9.bioc.BioPlex

这是发展BioPlex版本;稳定的发布版本,请参阅BioPlex。

R-side访问BioPlex蛋白质相互作用数据

Bioconductor版本:发展(3.18)

BioPlex包实现访问BioPlex蛋白质相互作用网络和相关资源在r .除了蛋白质交互网络HEK293和HCT116细胞,这包括乔鲁姆蛋白质复杂的数据访问、和转录组和蛋白质组数据的两个细胞系。功能集中在导入各种数据资源并将它们存储在专用Bioconductor数据结构,作为下游综合基础数据的分析。

作者:路德维希Geistlinger (aut (cre),罗伯特先生(aut)

维护人员:路德维希Geistlinger < ludwig_geistlinger hms.harvard.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“BioPlex”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BioPlex”)

HTML	R脚本	1。数据检索
HTML	R脚本	2。数据检查
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CellCulture,ColonCancerData,ExperimentData,ExperimentHub,ExpressionData,地理,基因组,Homo_sapiens_Data,MassSpectrometryData,蛋白质组,RNASeqData,ReproducibleResearch
版本	1.7.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1.0),SummarizedExperiment
进口	BiocFileCache,GenomicRanges,GenomeInfoDb,GEOquery,图、方法、跑龙套
链接
建议	AnnotationDbi,AnnotationHub,BiocStyle,DEXSeq,ExperimentHub,GenomicFeatures,S4Vectors,depmap、knitr rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ccb-hms/BioPlex
BugReports	https://github.com/ccb-hms/BioPlex/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	BioPlex_1.7.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BioPlex
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BioPlex
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BioPlex/
包下载报告	下载数据