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- Bioconductor 3.18
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- SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh37(development version)
SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh37
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DOI:10.18129 / B9.bioc.SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh37
这是发展SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh37版本;稳定的发布版本,请参阅SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh37。
人类SNP位置和等位基因提取dbSNP建造155和放在GRCh37 / hg19组装
Bioconductor版本:发展(3.18)
这个包的929496192个snp从RefSNP JSON文件中提取染色体22页,X, Y,和山,位于https://ftp.ncbi.nih.gov/snp/archive/b155/JSON/(这些文件是由NCBI 2021年5月)。这些snp可在BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19“注入”。
作者:Herve页面
维护人员:< hpages.on Herve页面。github在gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh37”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh37”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
| 参考手册 |
细节
| biocViews | AnnotationData,遗传学,Homo_sapiens,SNPlocs |
| 版本 | 0.99.24 |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (> = 4.2.0),BSgenome(> = 1.67.2) |
| 进口 | 方法,跑龙套,BiocGenerics,S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,BSgenome |
| 链接 | |
| 建议 | Biostrings,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | motifbreakR,MungeSumstats |
| 我的链接 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh37_0.99.24.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| macOS二进制(x86_64) | |
| macOS二进制(arm64) | |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh37/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
