SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37

DOI:10.18129 / B9.bioc.SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37

这是发展SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37版本;稳定的发布版本,请参阅SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37。

SNP地点智人(dbSNP构建144)

Bioconductor版本:发展(3.17)

SNP等位基因位置和智人从NCBI dbSNP建造144。源数据文件用于这个包是由NCBI 5月29 - 30日,2015年,包含snp GRCh37.p13映射到参考基因组。警告:请注意,GRCh37。p13 GRCh37的基因是一个修补版本。然而补丁并不改变染色体22页,X, Y,太GRCh37本身是一样的hg19从UCSC基因组* *除了线粒体染色体。因此,单核苷酸多态性在这个包可以在BSgenome.Hsapiens.UCSC“注入”。hg19在正确的位置,他们将土地但这注入排除chrM(即序列将被注入无关)。

作者:Herve页面

维修工:h .页< hpages fredhutch.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	AnnotationData,遗传学,Homo_sapiens,SNPlocs
版本	0.99.20
许可证	艺术- 2.0
取决于	BSgenome(> = 1.43.4)
进口	方法,跑龙套,BiocGenerics,S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,BSgenome
链接
建议	Biostrings,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	appreci8R
建议我	AllelicImbalance,GenomicScores,MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5,MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5,MafDb.ExAC.r1.0.hs37d5,MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.hs37d5,MafDb.gnomAD.r2.1.hs37d5,MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5,MafDb.TOPMed.freeze5.hg19,MungeSumstats,VariantAnnotation,VariantFiltering,XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37
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包档案

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源包	SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37_0.99.20.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37/
包下载报告	下载数据