JASPAR2022

DOI:10.18129 / B9.bioc.JASPAR2022

这是发展JASPAR2022版本;稳定的发布版本,请参阅JASPAR2022。

数据包JASPAR数据库(2022年版)

Bioconductor版本:发展(3.18)

JASPAR包含手动策划,是一个开放数据库冗余转录因子(TF)绑定TFs在6个分类群的概要文件。在这9日发布,我们扩大了核心与341年收集新的概要文件(脊椎动物148种植物,101,85,有尾索的昆虫和7),对应于一个19%扩张前发布。thisdatabases搜索,请使用包TFBSTools (> = 1.31.2)。

作者:一Baranasic (aut (cre)

维护人员:一Baranasic <一。在lms.mrc.ac.uk baranasic >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“JASPAR2022”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“JASPAR2022”)

HTML	R脚本	JASPAR2022
PDF		参考手册

细节

biocViews	AnnotationData,AnnotationHub,FunctionalAnnotation
版本	0.99.7
许可证	GPL-2
取决于	R(> = 4.1.0)、方法BiocFileCache,跑龙套
进口
链接
建议	knitr rmarkdown,BiocStyle,TFBSTools(> = 1.31.2)
SystemRequirements
增强了
URL	http://jaspar.genereg.net/
取决于我
进口我
建议我	GRaNIE,MethReg
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	JASPAR2022_0.99.7.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/JASPAR2022/
包下载报告	下载数据