GenomicState

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicState

这是发展GenomicState版本;稳定发布版本请参见GenomicState．

构建和访问genome icstate对象，以便与Gencode等来源的derfinder工具一起使用

Bioconductor版本:开发(3.16)

这个包包含从不同注释源(如Gencode)构建基因组状态对象的函数。它还提供了对JHPCE上这些文件的访问。

作者:Leonardo Collado-Torres [aut, cre]

维护人员:Leonardo Collado-Torres

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager"， quiet = TRUE)) #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install(" genome icstate ")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“GenomicState”)

超文本标记语言	R脚本	介绍GenomicState
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AnnotationData，AnnotationHub，Homo_sapiens，TxDb
版本	0.99.15
许可证	艺术- 2.0
取决于	AnnotationHub
进口	GenomicFeatures，GenomeInfoDb，rtracklayer，bumphunter，derfinder(> = 1.21.7),AnnotationDbi，IRanges，org.Hs.eg.db、跑龙套、方法
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，sessioninfo，testthat(> =魅惑,胶水，derfinderPlot，AnnotationHubData，RefManageR，GenomicRanges，covr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/LieberInstitute/GenomicState
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/GenomicState
取决于我
进口我	brainflowprobes，recountWorkflow
建议我	dasper
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GenomicState_0.99.15.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicState/
包下载报告	下载数据