BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19

DOI:10.18129 / B9.bioc.BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19

这是发展BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19版本;稳定的发布版本,请参阅BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19。

完整的基因组序列智人(hg19 UCSC的版本,基于GRCh37.p13)

Bioconductor版本:发展(3.16)

完整基因组序列智人(人类)提供的UCSC (hg19,基于GRCh37.p13)并存储在Biostrings对象。

作者:Bioconductor Dev团队

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	AnnotationData,BSgenome,遗传学,Homo_sapiens
版本	3
许可证	艺术- 2.0
取决于	BSgenome(> = 1.54.0)
进口	BSgenome
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	注释,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked,食典委,范围,测序,tra利用,变体
进口我	appreci8R,ATACCoGAPS,brainflowprobes,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked,ChIPComp,circRNAprofiler,decompTumor2Sig,希尔达,katdetectr,MADSEQ,musicatk,RareVariantVis,美国广播公司,TCGAWorkflow,trena,uncoverappLib,YAPSA
建议我	AneuFinder,ATACseqQC,BadRegionFinder,Basic4Cseq,BBCAnalyzer,biovizBase,cfDNAPro,ChIPpeakAnno,chromVAR,cn,CNVfilteR,CRISPRseek,customProDB,DAMEfinder,DNAshapeR,esATAC,FDb.FANTOM4.promoters.hg19,FDb.UCSC.snp135common.hg19,FDb.UCSC.snp137common.hg19,gcapc,GenomicAlignments,GenomicFeatures,GenomicRanges,GenomicScores,GenVisR,ggbio,gmapR,GRaNIE,GUIDEseq,Gviz,h5vc,HiCDCPlus,InPAS,感兴趣,IsoformSwitchAnalyzeR,karyoploteR,maftools,MEDIPS,MesKit,MethReg,MinimumDistance,海市蜃楼,motifbreakR,motifmatchr,MutationalPatterns,ORFik,OrganismDbi,网页排名,plotgardener,plyranges,ProteoDisco,qsea,R453Plus1Toolbox,REMP,rGADEM,RiboCrypt,RiboProfiling,Rsamtools,RSVSim,rtracklayer,SGSeq,签名者,SigsPack,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh37,StructuralVariantAnnotation,supersigs,svaNUMT,UMI4Cats,VariantAnnotation,wavClusteR,XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.3.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19/
包下载报告	下载数据