BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam2.masked

DOI:10.18129 / B9.bioc.BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam2.masked

这是发展bsgenome . cfamiliaris.ucsc . canfam2 .mask;稳定版请参见BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam2.masked．

犬狼疮全掩模基因组序列(UCSC版本canFam2)

Bioconductor版本:开发(3.17)

由UCSC (canFam2, 2005年5月)提供并存储在Biostrings对象中的Canis lupus familiaris (Dog)的完整基因组序列。序列与bsgenome . cfamiliarisucsc相同。canFam2，除了它们每个都在上面有以下4个掩码:(1)组装间隙掩码(AGAPS掩码)，(2)contig内歧义掩码(AMB掩码)，(3)RepeatMasker中的重复掩码(RM掩码)，以及(4)Tandem repeats Finder中的重复掩码(TRF掩码)。默认情况下，只有AGAPS和AMB掩码是“活动的”。

作者:Bioconductor开发团队

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install(" bsgenome . cfamiliaris.ucsc . canfam2 .mask ")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	AnnotationData，BSgenome，Canis_familiaris，遗传学
版本	1.3.99
许可证	艺术- 2.0
取决于	BSgenome(> = 1.31.8),BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam2
进口	BSgenome，BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam2
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包档案

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源包	BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam2.masked_1.3.99.tar.gz
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macOS二进制文件(arm64)
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam2.masked/
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