AHPathbankDbs

DOI:10.18129 / B9.bioc.AHPathbankDbs

这是发展AHPathbankDbs版本;稳定的发布版本,请参阅AHPathbankDbs。

代谢物和蛋白质与PathBank通路(AnnotationHub)

Bioconductor版本:发展(3.17)

包提供了一个全面的映射表的代谢物和蛋白质与PathBank通路有关。表包括HMDB KEGG ChEBI,中科院Drugbank, Uniprot id。表提供的10种(“智人”,“大肠杆菌”,“亩所支配”,“拟南芥”、“酿酒酵母”,“牛”,“秀丽隐杆线虫”、“鼠形”,“黑腹果蝇”,和“铜绿假单胞菌”)。这些表信息可以用于代谢物组(和其他)富集分析。

作者:Kozo Nishida (aut (cre)

维护人员:Kozo Nishida < Kozo。在gmail.com nishida >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“AHPathbankDbs”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“AHPathbankDbs”)

HTML	R脚本	提供AnnotationHub PathbankDb数据库
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AnnotationData,AnnotationHub,CustomDBSchema,FunctionalAnnotation
版本	0.99.5
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	AnnotationHub(> = 2.23.0)
链接
建议	BiocStyle,magrittr,dplyr,宠物猫,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/kozo2/AHPathbankDbs
取决于我
进口我
建议我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	AHPathbankDbs_0.99.5.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/AHPathbankDbs/
包下载报告	下载数据