### R代码从vignette源的数据输入-vignette。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:自由 ################################################### 要求(snpStats ) ################################################### ### 代码块2号:sysfile ################################################### pedfile < -执行(“extdata / sample.ped.gz”、包=“snpStats”)pedfile infofile < -执行(“extdata / sample.info”、包= " snpStats ") ################################################### ### 代码块3号:redpedfile ################################################### 示例< -阅读。pedfile (pedfile snp = infofile ) ################################################### ### 代码块数量4:sample1 ################################################### 样本基因型col.summary美元(样本基因型美元)加头(col.summary(样本基因型美元 )) ################################################### ### 代码块5号:sample2 ################################################### 头(样本fam美元 ) ################################################### ### 代码块6号:之上 ################################################### 头(样本地图 ) ################################################### ### 代码块7号:叮铃声 ################################################### fam公司< -执行(“extdata /样品。fam"， package="snpStats") bim <- system.file("extdata/sample. file ")bim"， package="snpStats") bed <- system.file("extdata/sample. file ")， package="snpStats") sample <- read。叮铃声(床,荡妇,家人 ) ################################################### ### 代码块8号:plinkout ################################################### 样本基因型col.summary美元(样本基因型美元)加器头部(样本fam)美元美元(美元样品地图 ) ################################################### ### 代码块9号:plinkselect ################################################### < -读子集。叮铃声(床,荡妇,家人,select.snps = 6:10)基因型col.summary美元子集(子集基因型美元)加器子集映射美元 ################################################### ### 代码块10号:longfile ################################################### longfile < -执行(“extdata / sample-long.gz”、包=“snpStats”)longfile ################################################### ### 代码块11号:入围名单 ################################################### 猫(readline (longfile 5), 9 = " \ n ") ################################################### ### 代码块12号:readlong ################################################### gdata < -阅读。长(longfile字段= c (snp = 1,样品= 2,基因型= 3,信心= 4),gcodes = c(“1”、“2”、“3”),阈值= 0.95)gdata总结(gdata ) ################################################### ### 代码块13号:readlongallele ################################################### allelesfile < -执行(“extdata / sample-long-alleles.gz”、包=“snpStats”)猫(readline (allelesfile 5), 9 =“\ n”)gdata < -阅读。Long (allelesfile, fields=c(snp=1, sample=2，等位基因。= 3,等位基因。B=4，信度=5)，阈值=0.95)gdata gdata$基因型gdata$等位基因