### R代码从vignette源的seqCNA。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:seqCNA。Rnw: 75 - 76 ################################################### 库(seqCNA ) ################################################### ### 代码块2号:seqCNA。Rnw: 79 - 80 ################################################### 数据(seqsumm_HCC1143 ) ################################################### ### 代码块3号:seqCNA。Rnw: 97 - 98 ################################################### 有数只= readSeqsumm (tumour.data = seqsumm_HCC1143 ) ################################################### ### 代码块数量4:seqCNA。Rnw: 144 - 145 ################################################### 有数只= applyfilter(有数,修剪。过滤器= 1,mapq.filter = 2 ) ################################################### ### 代码块5号:seqCNA。Rnw: 169 - 170 ################################################### 有数只= runSeqnorm(有数 ) ################################################### ### 代码块6号:seqCNA。Rnw: 181 - 182 ################################################### 有数只= runGLAD(有数 ) ################################################### ### 代码块7号:seqCNA。Rnw: 200 - 201 ################################################### plotCNProfile(有数 ) ################################################### ### 代码块8号:seqCNA。Rnw: 204 - 205 ################################################### 有数只= applyThresholds(有数,seq (-0.8 4 = 0.8), 1 ) ################################################### ### 代码块9号:seqCNA。Rnw: 212 - 213 ################################################### plotCNProfile(有数 ) ################################################### ### 代码块10号:seqCNA。Rnw: 220 - 221 ################################################### 总结(有数 ) ################################################### ### 代码块11号:seqCNA。Rnw: 229 - 230 ################################################### 头(rco@output)