简介

本小插图讨论了Crispr/Cas9设计的第一步通常需要的多Crispr的基因组算术功能。Multicrispr的基因组算术函数允许围绕基因组范围的开始/结束进行双向转换。的GenomicRanges而且plyranges包还提供了广泛的基因组算术功能，尽管功能设计为单向转换。

在Anazlone等人(2019)的论文中，我们用四个主要编辑目标说明了小型grange上的不同操作。

require(multicrispr) bsgenome <- bsgenome . hsapiens . ucsc .hg38:: bsgenome . hsapiens . ucsc .hg38:: bsgenome . hsapiens . ucsc。hg38 gr <- char_to_granges(c(PRNP = 'chr20:4699600:+'， # snp HBB = 'chr11:5227002:-'， # snp HEXA = 'chr15:72346580-72346583:-'， # del CFTR = 'chr7:117559593-117559595:+')，# ins bsgenome = bsgenome) plot_interval (gr, facet_var = c('targetname'，'seqnames'))

基因算法

ext <- extend(gr, start = -10, end = +10, plot = TRUE)

up <- up_side (gr， -22， -1, plot=TRUE, facet_var=c('targetname'， 'seqnames'))

dn <- down_side (gr， +1， +22, plot=TRUE)

dbl <- double_侧翼(gr， -10， -1， +1， +20, plot = TRUE) ## 8侧翼范围:4向上+ 4向下

参考文献

Anzalone, a.v.， Randolph, p.b.， Davis, J.R.等人。没有双链断裂或供体DNA的搜索和替换基因组编辑。自然576,149-157(2019)。https://doi.org/10.1038/s41586-019-1711-4