### R代码从vignette源的msgbsR_Vignette。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:加载示例数据 ################################################### 库(msgbsR)库(GenomicRanges)图书馆(SummarizedExperiment) my_path <系统。文件(“extdata”,包=“msgbsR”)se < - rawCounts (bamFilepath = my_path)暗(化验(se )) ################################################### ### 代码块2号:插入的元数据 ################################################### colData (se) < - DataFrame(集团= c(代表(“控制”,3),代表(“实验”,3)),row.names = colnames(化验(se ))) ################################################### ### 代码块3号:提取削减网站 ################################################### cutSites < - rowRanges (se) # #调整减少网站重叠识别网站在每个链开始(cutSites) < - ifelse(测试=链(cutSites ) == '+', 是的=开始(cutSites) - 1,不=开始(cutSites) - 2)结束(cutSites) < - ifelse(测试=链(cutSites ) == '+', 是的=结束(cutSites) + 2,没有=结束(cutSites) + 1 ) ################################################### ### 代码块4号:运行checkCuts BSgenome ################################################### 库(BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn6) correctCuts < checkCuts (cutSites = cutSites基因组=“rn6 seq = " CCGG ") ################################################### ### 代码块5号:过滤掉错误的削减 ################################################### correctCuts se < - subsetByOverlaps (se)的(试验(se )) ################################################### ### 代码块6号:情节计数每削减网站 ################################################### plotCounts (se =, cateogory = " ") ################################################### ### 代码块7号:图一 ################################################### plotCounts (se =, cateogory = " ") ################################################### ### 代码块8号:差异甲基化 ################################################### <——diffMeth (se =, cateogory =“集团”,condition1 =“控制”,condition2 =“实验”,cpmThreshold = 1, thresholdSamples = 1 ) ################################################### ### 代码块9号:chr20长度 ################################################### ratChr < - seqlengths chr20 (BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn6)” "] ################################################### ### 代码块10号:上面的网站 ################################################### my_cuts < -农庄(顶级网站(美元(罗斯福< 0.05美元 )]) ################################################### ### 代码块11号:圆环阴谋 ################################################### plotCircos (cutSites = my_cuts seqlengths = ratChr cutSite。color = "red"， seqlength。颜色=“蓝 ") ################################################### ### 代码块12号:图二 ################################################### plotCircos (cutSites = my_cuts seqlengths = ratChr cutSite。color = "red"， seqlength。颜色=“蓝 ") ################################################### ### 代码块13号:注释 ################################################### sessionInfo ()