概述
clusterProfiler实现分析和可视化基因组坐标的功能轮廓的方法ChIPseeker)、基因和基因簇。
支持分析
- 代表比例分析
- 基因集富集分析
- 生物主题比较
支持本体/途径
- 疾病本体(via)剂量）
- 癌症基因网络(通过剂量）
- DisGeNET(通过剂量）
- 基因本体(Gene Ontology)支持多种物种的GO注释在线查询AnnotationHub）
- KEGG通路和模块与最新的在线数据(支持超过4000种列在http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html）
- Reactome通路(通过ReactomePA）
- 大卫(通过RDAVIDWebService）
- 分子特征数据库
- 标志基因组
- 定位基因集
- 精心策划的基因集
- 基序基因集
- 计算基因集
- 氧化石墨烯基因组
- 致癌的签名
- 免疫签名
- 其他的注释
可视化
- barplot
- cnetplot
- dotplot
- emapplot
- gseaplot
- goplot
- upsetplot
装饰图案
引用
如果你使用clusterProfiler在已发表的研究中，请引用:
G余，王丽丽，韩艳，何庆。clusterProfiler:一个R包，用于比较基因簇之间的生物学主题。组学:综合生物学杂志2012年,16(5):284 - 287。doi: 10.1089 / omi.2011.0118) (http://dx.doi.org/10.1089/omi.2011.0118）
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