# #——首先,消息= FALSE,警告= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(“SIAMCAT”)的数据。loc < - ' https://zenodo.org/api/files/d81e429c - 870 f - 44 - e0 a44a - 2 - a4aa541b6c1/’#这是数据从西et al .,摩尔。系统。医学杂志2014 fn.meta.fr < - paste0(数据。loc, meta_Zeller.tsv) fn.feat.fr < paste0(数据。loc, specI_Zeller.tsv) #这是来自于外部数据集et al ., 2017年肠道fn.meta.cn < - paste0(数据。loc, meta_Yu.tsv) fn.feat.cn < - paste0(数据。loc, specI_Yu.tsv) # #——siamcat_fr - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # #特性不同的默认值R ! ! !feat.fr < read.table (fn.feat.fr, 9 = \ t,引用= " check.names = FALSE, stringsAsFactors = FALSE) #计数功能,但我们希望与相对丰度feat.fr.rel < - prop.table (as.matrix (feat.fr), 2) #元数据meta.fr < - read.table (fn.meta.fr, 9 = \ t,引用= " check.names = FALSE, stringsAsFactors = FALSE) #创建SIAMCAT对象siamcat.fr < - SIAMCAT(壮举= feat.fr.rel元= meta.fr标签=“集团”,例=“儿童权利公约”)# #——siamcat_cn - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #特性feat.cn < - read.table (fn.feat.cn, 9 = \ t,引用= " check.names = FALSE) feat.cn.rel < - prop.table (as.matrix (feat.cn), 2) #元数据meta.cn < - read.table (fn.meta.cn, 9 = \ t,引用= " check.names = FALSE, stringsAsFactors = FALSE) # SIAMCAT对象siamcat.cn < - SIAMCAT(壮举= feat.cn.rel元= meta.cn,标签=“集团”,例=“儿童权利公约”)# #——preprocessing_fr - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - siamcat.fr < -过滤器。特性(siamcat.fr、过滤。方法=“丰富”,截止= 0.001,rm。地图上未标明的= TRUE, verbose = 2) siamcat.fr < -正常化。特性(siamcat.fr、规范。方法= "日志。性病”,规范。param =(日志列表。n0 = 1e-06, sd.min.q = 0.1), verbose = 2 ) ## ----build_model_fr, results='hide'------------------------------------------- siamcat.fr <- create.data.split( siamcat.fr, num.folds = 5, num.resample = 2 ) siamcat.fr <- train.model( siamcat.fr, method = "lasso" ) ## ----predict_evaluate_fr, results='hide'-------------------------------------- siamcat.fr <- make.predictions(siamcat.fr) siamcat.fr <- evaluate.predictions(siamcat.fr) ## ----normalize_cn------------------------------------------------------------- siamcat.cn <- normalize.features(siamcat.cn, norm.param=norm_params(siamcat.fr), feature.type='original', verbose = 2) ## ----predict_cn, results='hide'----------------------------------------------- siamcat.cn <- make.predictions( siamcat = siamcat.fr, siamcat.holdout = siamcat.cn, normalize.holdout = FALSE) ## ----alternative_pipeline_cn, eval=FALSE-------------------------------------- # ## Alternative Code, not run here # siamcat.cn <- siamcat(feat=feat.cn.rel, meta=meta.cn, # label='Group', case='CRC') # siamcat.cn <- make.predictions(siamcat = siamcat.fr, # siamcat.holdout = siamcat.cn, # normalize.holdout = TRUE) ## ----eval_cn, message=FALSE--------------------------------------------------- siamcat.cn <- evaluate.predictions(siamcat.cn) ## ----eval_plot, eval=FALSE---------------------------------------------------- # model.evaluation.plot('FR-CRC'=siamcat.fr, # 'CN-CRC'=siamcat.cn, # colours=c('dimgrey', 'orange')) ## ----session_info------------------------------------------------------------- sessionInfo()