### R代码来自小插图来源的GUIDEseq。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:风格 ################################################### BiocStyle:乳胶 () ################################################### ### 代码块2号:GUIDEseq。Rnw: 21 - 25日 ################################################### 库(knitr) opts_chunk美元设置(和谐= TRUE ) ################################################### ### 代码块3号:GUIDEseq。Rnw: 102 - 109 ################################################### 库(GUIDEseq) umifile < -系统。file("extdata"，" ui - hek293_site4_chr13 .txt"， package = "GUIDEseq") bedfile <- system.file("extdata"，"bowtie2.HEK293_site4_chr13.sort. txt"， package = "GUIDEseq")bamfile <- system.file("extdata"，"bowtie2.HEK293_site4_chr13.sort. bat "， package = "GUIDEseq")bam”,包= " GUIDEseq ") ################################################### ### 代码块数量4:GUIDEseq。Rnw:148-151 ################################################### uniqueCleavageEvents <- getUniqueCleavageEvents(bamfile, umifile, n.cores.max =1) #uniqueCleavageEventsOld <- getUniqueCleavageEvents(bedfile, umifile) uniqueCleavageEvents$cleavage。gr ################################################### ### 代码块5号:GUIDEseq。Rnw: 165 - 168 ################################################### 山峰< - getPeaks (uniqueCleavageEvents乳沟美元。Gr, min.reads = 80)峰值。Gr <- peaks$peaks为峰值。gr ################################################### ### 代码块6号:GUIDEseq。Rnw: 183 - 187 ################################################### mergedPeaks < mergePlusMinusPeaks(峰值。Gr =峰值。gr,输出。“mergedPeaks.bed”)$mergedPeaks。gr (mergedPeaks mergedPeaks.bed美元 ) ################################################### ### 代码块7号:GUIDEseq。Rnw: 201 - 216 ################################################### 库(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)峰值< -系统。文件(“extdata”、“T2plus100OffTargets。bed", package = "CRISPRseek") gRNAs <- system.file("extdata", "T2.fa", package = "CRISPRseek") outputDir <- getwd() offTargets <- offTargetAnalysisOfPeakRegions(gRNA = gRNAs, peaks = peaks, format=c("fasta", "bed"), peaks.withHeader = TRUE, BSgenomeName = Hsapiens, upstream = 50, downstream =50, PAM.size = 3, gRNA.size = 20, PAM = "NGG", PAM.pattern = "(NAG|NGG|NGA)$", max.mismatch = 2, outputDir = outputDir, orderOfftargetsBy = "predicted_cleavage_score", allowed.mismatch.PAM = 2, overwrite = TRUE ) ################################################### ### code chunk number 8: GUIDEseq.Rnw:231-239 ################################################### gRNA.file <- system.file("extdata","gRNA.fa", package = "GUIDEseq") system.time(guideSeqRes <- GUIDEseqAnalysis( alignment.inputfile = bamfile, umi.inputfile = umifile, gRNA.file = gRNA.file, orderOfftargetsBy = "peak_score", descending = TRUE, n.cores.max = 1, BSgenomeName = Hsapiens, min.reads = 1)) names(guideSeqRes) ################################################### ### code chunk number 9: GUIDEseq.Rnw:274-275 ################################################### sessionInfo()