# #——回声= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: opts_chunk设置美元(错误= FALSE,警告= FALSE,消息= FALSE)图书馆(BiocStyle) set.seed(0) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -图书馆(S4Vectors) df < DataFrame (x = rnorm (10000), y = rnorm(10000),基因= paste0 (“GENE_”,示例(100、10000、取代= TRUE),细胞= paste0 (“CELL_”,示例(10000,取代= TRUE))) df # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -图书馆(BumpyMatrix)垫< splitAsBumpyMatrix (df (c (“x”、“y”)],行= df基因,美元列= df $细胞)垫垫[1]([1])# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -选择< df (1:10 0,) smat < - splitAsBumpyMatrix(选择[c (“x”、“y”)],行=选择基因美元,美元列=选择细胞,稀疏= TRUE) smat # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -暗(垫)dimnames(垫)rbind(垫,垫)cbind(垫,垫)t(垫)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -垫(c (“GENE_2”、“GENE_20”)]垫[1:5]垫(“GENE_10) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -。x < -垫(,“x”)。x。x [1] # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - pos < -。x > 0 < pos[1]转变- 10 *。x + 1转移[1]。y < -垫(,“y”)更大的< -。x <。大y [1] diff < -。y -。x diff[1] # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -我< -垫(,“x”) > 0 &垫(,' y '] > 0我[1]子< -垫[我]子子[1]# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -垫(,' x ']垫(“x”,放弃= FALSE) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -垫(1,1,' x ']垫(1,1,“x”。dropk = FALSE)垫(1,1,“x”,放弃= FALSE)垫(1,1,“x”。dropk = TRUE,下降= FALSE) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - < -垫副本副本(,“x”) < -副本(,“x”) * 20份[1]# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -意味着(out.x)(1:5, 1:5) #矩阵var (out.x)矩阵(1:5,1:5)# # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -分位数(out.x)(1:5、1:5)范围(out.x) (1:5、1:5) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - pmax (。x, out.y) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessionInfo ()