版本1.5.17（2021-04-22）的更改： +继续在协会测试上进行工作，现在允许在多个条件的情况下使用以下点（版本1.5.02）中实现的额外对比度。这引起了对比的差异互动矩阵的一些问题，这导致引入了一个新的参数“逆”，该参数指定了倒置该方差互动矩阵的过程。版本1.5.02（2021-01-21）的更改： + AssioceTest上的主要更新，其中对比不再依赖结，而是依赖于新的NPoint参数，该参数指定了在该谱系中使用的点数对比。协会测试还具有一个新的参数对比度，允许使用三种不同的对比类型进行测试。有关更多详细信息，请参见协会测试的文档。请注意，结果可能会明显变化，具体取决于所选择的对比类型，尤其是与倍数变化截止的结合（L2FC参数）。版本1.3.19（2020-10-16）的更改： +合并的“条件”分支为`Master'。现在，“主人”分支可以处理多个条件。``fitgam''中有一个新的“条件”参数来处理它，并且每个谱系都将安装一个特定条件的顺畅。 There is also a new test, `conditionTest`, which tests for DE between conditions within a lineage. The way this is done under the hood is exactly like the `patternTest`. Changes in version 1.1.07 (2020-02-27): + added testing against fold change cut-off for all DE tests + default cut-off for deciding the rank of the variance-covariance matrix changed in patternTest and earlyDETest. This can impact the results of these tests. To return to original behaviour, set `eigenThresh=1e-8` argument. Changes in version 0.99.9902 (2019-10-23) + tradeSeq's fitGam and evaluateK functions do not have a seed argument anymore, as per Bioconductor's guidelines. Users are encouraged to set the seed manually with the set.seed function before running those functions for reproducibility purposes. Changes in version 0.99.47 (2019-09-02) + tradeSeq now provides `singleCellExperiment` output o fitGam now accepts a `slingshotDataSet` object as input o All tests and plotting functions accept a `singleCellExperiment` object that contain tradeSeq output Changes in version 0.99.0 (2019-06-22) + Submitted to Bioconductor Changes in version 0.9.0 (2019-03-15) + Reformatted to fulfill Bioconductor guidelines